Integracja z Krajowym Systemem e-Faktur, podobnie jak obsługa raportowania plików JPK, to złożony projekt, który stawia przed firmami określone wyzwania techniczne, organizacyjne i procesowe. Przygotowania do projektu warto rozpocząć od zbudowania wewnętrznego zespołu projektowego, którego kompetencje pozwolą zarówno na realizację celów biznesowych, jak i na wsparcie prac technicznych w systemie. Aby sprostać tym wyzwaniom, zespół odpowiedzialny za integrację z KSeF powinny tworzyć zarówno osoby reprezentujące działy finansów i księgowości, jak i osoby pełniące funkcje techniczne, które będą uczestniczyły w działaniach związanych z przygotowaniem infrastruktury, czy też integracją z zewnętrznymi rozwiązaniami.
Schemat faktury ustrukturyzowanej różni się znacząco od faktury standardowej, co narzuca konieczność wprowadzenia modyfikacji w procesach i, co za tym idzie, w systemie. Przebudowane procesy mogą wymagać nowych kompetencji wewnątrz firmy i zmian w dotychczasowej strukturze organizacyjnej. Nie bez znaczenia są również ograniczenia związane z Krajowym Systemem e-Faktur, które uniemożliwią wiele z powszechnie stosowanych praktyk, łącznie z dostarczaniem faktur po terminie czy dodawaniem załączników do faktur.
Kolejnym istotnym aspektem jest zaplanowanie zasobów czasowych potrzebnych na wdrożenie odpowiednich rozwiązań, a także na fazę testów weryfikujących poprawność integracji z KSeF. Obecnie Ministerstwo Finansów oferuje możliwość testowania wdrożonych procesów i narzędzi poprzez specjalne bramki testowe. Pozwala to zdiagnozować potencjalne błędy oraz wprowadzić usprawnienia, zanim faktury ustrukturyzowane staną się obligatoryjne. Jeśli mowa o obowiązku przekazywania faktur do KSeF, ten wejdzie w życie już w 2024 roku. Aby zapewnić firmie łagodną integrację z KSeF i zrealizować projekt w dogodnym dla organizacji momencie (na przykład, gdy działy bezpośrednio dotknięte zmianami będą dysponowały wolnymi zasobami czasowymi), warto zaplanować taki projekt wcześniej.